Curso GROMACS: Simulación Molecular HPC - Minimización, Equilibración y Producción

Simulación Molecular con GROMACS: Minimización, Equilibración y Producción

Aprende a realizar simulaciones de dinámica molecular con GROMACS desde cero: preparación del sistema, minimización de energía, equilibración NVT/NPT y simulaci...

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Resumen del Curso

Este curso práctico te guía a través del flujo de trabajo completo de simulación de dinámica molecular usando GROMACS, uno de los paquetes de software de cómputo de alto rendimiento (HPC) más utilizados en bioinformática y química computacional.

Desde la preparación del sistema hasta el análisis de la trayectoria de producción, aprenderás a:

- Instalar y configurar GROMACS en entornos Linux/HPC

- Preparar topologías moleculares con campos de fuerza AMBER y CHARMM

- Ejecutar minimización de energía para eliminar conflictos estéricos

- Equilibrar el sistema en ensambles NVT y NPT

- Lanzar simulaciones de producción de larga duración

- Analizar trayectorias: RMSD, RMSF, radio de giro y parámetros de orden

Ideal para estudiantes de posgrado, investigadores y profesionales en biología computacional, bioquímica, física y química.

Preguntas Frecuentes

Sí, se recomienda conocimiento básico de la terminal Linux (comandos cd, ls, mkdir, nano/vim). No es necesario ser experto, pero familiarizarse con la línea de comandos acelera el aprendizaje.

Yeesuan Cloud es el servicio HPC en la nube de NF Innovations. Al comprar el curso recibes acceso a un escritorio interactivo con terminal, file manager y GROMACS preinstalado. Incluye 150 horas CPU para tus prácticas y es accesible desde cualquier dispositivo (Windows, Mac, Linux, tablet) sin instalar nada localmente.

Sí. Al completar el curso recibes un Certificado Oficial de NFInnovations Academy (USA) que acredita tu formación en simulación molecular con GROMACS en entornos HPC. El certificado está disponible en formato digital y puede compartirse en LinkedIn u otras plataformas.

Yeesuan Cloud ejecuta jobs de CPU (GROMACS, VMD headless para análisis). Para visualización 3D de trayectorias descarga los archivos de salida (.xtc, .gro) y úbrelos en VMD instalado localmente en tu computadora. El curso incluye una guía de cómo transferir y visualizar los resultados.

Plan de estudios del curso

Requisitos

Conocimientos básicos de química orgánica o bioquímica
Acceso a Yeesuan Cloud (incluido con la compra del curso: 150 horas CPU)

Resultados

Ejecutar simulaciones completas de dinámica molecular en Yeesuan Cloud HPC sin instalar nada localmente
Ejecutar minimización de energía, equilibración NVT/NPT y simulaciones de producción con GROMACS
Preparar archivos de topología y coordenadas para simulación de proteínas con GROMACS
Analizar resultados con herramientas GROMACS: RMSD, Rg, RMSF y energía potencial
Obtener el Certificado Oficial de NFInnovations Academy (USA) en simulación molecular HPC

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Nivel
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